Сегодня: 06.12.2019
RU / EN
Последнее обновление: 04.10.2019
Современные молекулярно-генетические технологии в надзоре за циркуляцией субтипов ВИЧ-1

Современные молекулярно-генетические технологии в надзоре за циркуляцией субтипов ВИЧ-1

Н.Н. Зайцева, Н.Н. Носов, О.В. Парфенова, О.Ю. Пекшева, Е.И. Ефимов
Ключевые слова: ВИЧ-инфекция; молекулярно-генетические технологии; субтипы ВИЧ-1; молекулярно-эпидемиологический мониторинг; рекомбинантные формы ВИЧ; филогенетический анализ.
СТМ, 2016, том 8, номер 1, стр. 121-127.

Полный текст статьи

html pdf
426
621

Цель исследования — оценить возможности современных технологий в осуществлении мониторинга генетических вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на отдельных административных территориях (на примере Приволжского федерального округа (ПФО) за период 2008–2014 гг.).

Материалы и методы. Проведен молекулярно-генетический анализ 647 образцов плазмы крови пациентов, инфицированных ВИЧ-1, из 13 регионов ПФО (Россия). Для генотипирования использовали тест-систему ViroSeqТМ HIV-1 и программное обеспечение Genotyping System Software v.2.8 (Celera Diagnostic, США). Субтипирование выполнено онлайн с использованием программ COMET HIV-1/2 и REGA HIV-1 Subtyping Tool. Филогенетический анализ, включая референсные нуклеотидные последовательности из GenBank стран Европы, Америки, Австралии, СНГ и регионов России, осуществляли с помощью программы MEGA 5.2, статистическим методом Maximum Likelihood analysis и модели Kimura (bootstrap level 1000).

Результаты. Изучение пейзажа вариантов ВИЧ-1 в ПФО выявило тенденцию к доминированию субтипа А ВИЧ-1 как в период 2008–2010 гг. (91,3%), так и в 2011–2014 гг. (95,6%). Вторым по частоте обнаружения является субтип В (8,7 и 2% соответственно). Установлено увеличение субтипового разнообразия генетических вариантов ВИЧ-1 в образцах периода 2011–2014 гг., в основном за счет появления рекомбинантных вариантов (AB, AG, CRF06_cpx, CRF01_AE) и штамма субтипа С.

Отмечено филогенетическое родство и подтверждены молекулярно-эпидемиологические связи между нуклеотидными последовательностями вирусов, выделенных у ВИЧ-позитивных лиц Приволжья, и последовательностями, взятыми в качестве референсных из международной базы GenBank.

Заключение. Современные молекулярно-генетические методы, используемые в эпидемиологическом надзоре за ВИЧ-инфекцией, в том числе и при изучении субтиповой структуры ВИЧ, могут служить основным инструментом мониторинга текущей ситуации и прогнозирования эпидемии, позволяют выполнять оценку, анализ и принимать решения с целью разработки профилактических и противоэпидемических мероприятий и стабилизации эпидемии ВИЧ-инфекции.

  1. Анализ эпидемиологической ситуации по ВИЧ-ин­­фекции и сопутствующим заболеваниям (туберкулез, ИППП, гепатиты): методические рекомендации №6964-РХ. М; 2007.
  2. Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б., Меще­рякова Ю.В., Черноусова Н.Я., Гашникова Н.М. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2012; 6: 45–52.
  3. Богословская Е.В. Комплекс молекулярно-генети­ческих методов для мониторинга ВИЧ-инфекции. Автореф. дис. … докт. мед. наук. СПб; 2011.
  4. Богословская Е.В., Волошина П.В., Браслав­ская С.И., Мызникова А.И., Шипулин Г.А. Изучение распространенности различных субтипов ВИЧ на территории РФ. В кн.: Материалы VII Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика». М; 2010; с. 16–19.
  5. Казеннова Е.В., Бобков А.Ф. Подтипы вируса имму­нодефицита человека 1 типа: классификация, про­ис­хождение и распространение в Европе. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2003; 1: 90–96.
  6. Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Шипулин Г.А. Изучение распространенности вариантов ВИЧ различных субтипов на территории Российской Федерации с использованием базы данных лекарственной устойчивости ВИЧ. В кн.: Материалы международной конференции «Общие угрозы — совместные действия. Ответ государств БРИКС на вызовы опасных инфекционных болезней». М; 2015; c. 241–243.
  7. Мусатов В.Б., Яковлев А.А., Тыргина Т.В., Лад­ная Н.Н. Прогностическое значение результатов генотипирования вирусов иммунодефицита человека, выделенных от боль­ных первичной ВИЧ-инфекцией в 2009 и 2011 годах в Санкт-Петербурге. Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия 11: Медицина 2013; 1: 171–178.
  8. Суханова А.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Крав­ченко А.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Боб­ков А.Ф., Покровский В.В. Варианты вируса иммунодефицита чело­века типа 1, обнаруживаемые в России среди инфи­цированных половым путем. Вопросы вирусологии 2004; 49(1): 4–7.
  9. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ха­ни­­на Т.А., Бобкова М.Р., Ладная Н.Н., Кpавчен­ко А.В., Покpовский В.В., Вебеp Дж.Н. Нуклеотидные последовательности генов и изолятов вируса иммунодефицита человека типа 1, выявленных в России: обнаружение новых рекомбинантных вариантов. Вопросы вирусологии 2000; 6: 17–20.
  10. Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Лага В.Ю., Лаповок И.А., Глущенко Н.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика эпиде­мии ВИЧ-инфекции в регионах Сибири и Дальнего Восто­ка России. В кн.: Сборник материалов VIII Всероссийской научно-практической конференции. М; 2014; с. 45–46.
  11. Покровский В.В. Эпидемиология и профилактика ВИЧ-инфекции/СПИД. М: Медицина; 1996; 248 с.
  12. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Лад­­ная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В, Покров­ский В.В. Субтипы ВИЧ-1 в России в 1987–1998 гг. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 1999; 1: 43–45.
  13. Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., Kravchenko A., Pokrovsky V., Cheingsong-Popov R., Weber J. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res Hum Retroviruses 1998; 14(8): 669–676.
  14. Дементьева Н.Е., Сизова Н.В., Лисицина З.Н., Беля­ков Н.А. Молекулярно-эпидемиологическая характе­ристи­ка ВИЧ-инфекции в Санкт-Петербурге. Медицин­ский академический журнал 2012; 12(2): 97–104.
  15. Laisaar K.T., Avi R., DeHovitz J., Uusküla A. Estonia at the threshold of the fourth decade of the AIDS era in Europe. AIDS Res Hum Retroviruses 2011; 27(8): 841–851, http://dx.doi.org/10.1089/AID.2010.0223.
  16. Delatorre E., Bello G. Spatiotemporal dynamics of the HIV-1 CRF06_cpx epidemic in Western Africa. AIDS 2013; 27(8): 1313–1320, http://dx.doi.org/10.1097/QAD.0b013e32835f1df4.
Zaitseva N.N., Nosov N.N., Parfenova О.V., Peksheva О.Y., Efimov E.I. Modern Molecular Genetic Technologies in the Supervision over HIV-1 Subtypes Circulation. Sovremennye tehnologii v medicine 2016; 8(1): 121–127, http://dx.doi.org/10.17691/stm2016.8.1.16


Журнал базах данных

web_of_science.jpg

scopus.jpg

crossref.jpg

doaj.jpg

ebsco.jpg

embase.jpg

ulrich.jpg

cyberleninka.jpg

e-library.jpg

lan.jpg

ajd.jpg

vak.jpg