Современные молекулярно-генетические технологии в надзоре за циркуляцией субтипов ВИЧ-1
Цель исследования — оценить возможности современных технологий в осуществлении мониторинга генетических вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на отдельных административных территориях (на примере Приволжского федерального округа (ПФО) за период 2008–2014 гг.).
Материалы и методы. Проведен молекулярно-генетический анализ 647 образцов плазмы крови пациентов, инфицированных ВИЧ-1, из 13 регионов ПФО (Россия). Для генотипирования использовали тест-систему ViroSeqТМ HIV-1 и программное обеспечение Genotyping System Software v.2.8 (Celera Diagnostic, США). Субтипирование выполнено онлайн с использованием программ COMET HIV-1/2 и REGA HIV-1 Subtyping Tool. Филогенетический анализ, включая референсные нуклеотидные последовательности из GenBank стран Европы, Америки, Австралии, СНГ и регионов России, осуществляли с помощью программы MEGA 5.2, статистическим методом Maximum Likelihood analysis и модели Kimura (bootstrap level 1000).
Результаты. Изучение пейзажа вариантов ВИЧ-1 в ПФО выявило тенденцию к доминированию субтипа А ВИЧ-1 как в период 2008–2010 гг. (91,3%), так и в 2011–2014 гг. (95,6%). Вторым по частоте обнаружения является субтип В (8,7 и 2% соответственно). Установлено увеличение субтипового разнообразия генетических вариантов ВИЧ-1 в образцах периода 2011–2014 гг., в основном за счет появления рекомбинантных вариантов (AB, AG, CRF06_cpx, CRF01_AE) и штамма субтипа С.
Отмечено филогенетическое родство и подтверждены молекулярно-эпидемиологические связи между нуклеотидными последовательностями вирусов, выделенных у ВИЧ-позитивных лиц Приволжья, и последовательностями, взятыми в качестве референсных из международной базы GenBank.
Заключение. Современные молекулярно-генетические методы, используемые в эпидемиологическом надзоре за ВИЧ-инфекцией, в том числе и при изучении субтиповой структуры ВИЧ, могут служить основным инструментом мониторинга текущей ситуации и прогнозирования эпидемии, позволяют выполнять оценку, анализ и принимать решения с целью разработки профилактических и противоэпидемических мероприятий и стабилизации эпидемии ВИЧ-инфекции.
- Анализ эпидемиологической ситуации по ВИЧ-инфекции и сопутствующим заболеваниям (туберкулез, ИППП, гепатиты): методические рекомендации №6964-РХ. М; 2007.
- Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б., Мещерякова Ю.В., Черноусова Н.Я., Гашникова Н.М. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2012; 6: 45–52.
- Богословская Е.В. Комплекс молекулярно-генетических методов для мониторинга ВИЧ-инфекции. Автореф. дис. … докт. мед. наук. СПб; 2011.
- Богословская Е.В., Волошина П.В., Браславская С.И., Мызникова А.И., Шипулин Г.А. Изучение распространенности различных субтипов ВИЧ на территории РФ. В кн.: Материалы VII Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика». М; 2010; с. 16–19.
- Казеннова Е.В., Бобков А.Ф. Подтипы вируса иммунодефицита человека 1 типа: классификация, происхождение и распространение в Европе. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2003; 1: 90–96.
- Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Шипулин Г.А. Изучение распространенности вариантов ВИЧ различных субтипов на территории Российской Федерации с использованием базы данных лекарственной устойчивости ВИЧ. В кн.: Материалы международной конференции «Общие угрозы — совместные действия. Ответ государств БРИКС на вызовы опасных инфекционных болезней». М; 2015; c. 241–243.
- Мусатов В.Б., Яковлев А.А., Тыргина Т.В., Ладная Н.Н. Прогностическое значение результатов генотипирования вирусов иммунодефицита человека, выделенных от больных первичной ВИЧ-инфекцией в 2009 и 2011 годах в Санкт-Петербурге. Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия 11: Медицина 2013; 1: 171–178.
- Суханова А.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Кравченко А.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Бобков А.Ф., Покровский В.В. Варианты вируса иммунодефицита человека типа 1, обнаруживаемые в России среди инфицированных половым путем. Вопросы вирусологии 2004; 49(1): 4–7.
- Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Бобкова М.Р., Ладная Н.Н., Кpавченко А.В., Покpовский В.В., Вебеp Дж.Н. Нуклеотидные последовательности генов и изолятов вируса иммунодефицита человека типа 1, выявленных в России: обнаружение новых рекомбинантных вариантов. Вопросы вирусологии 2000; 6: 17–20.
- Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Лага В.Ю., Лаповок И.А., Глущенко Н.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика эпидемии ВИЧ-инфекции в регионах Сибири и Дальнего Востока России. В кн.: Сборник материалов VIII Всероссийской научно-практической конференции. М; 2014; с. 45–46.
- Покровский В.В. Эпидемиология и профилактика ВИЧ-инфекции/СПИД. М: Медицина; 1996; 248 с.
- Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В, Покровский В.В. Субтипы ВИЧ-1 в России в 1987–1998 гг. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 1999; 1: 43–45.
- Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., Kravchenko A., Pokrovsky V., Cheingsong-Popov R., Weber J. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res Hum Retroviruses 1998; 14(8): 669–676.
- Дементьева Н.Е., Сизова Н.В., Лисицина З.Н., Беляков Н.А. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции в Санкт-Петербурге. Медицинский академический журнал 2012; 12(2): 97–104.
- Laisaar K.T., Avi R., DeHovitz J., Uusküla A. Estonia at the threshold of the fourth decade of the AIDS era in Europe. AIDS Res Hum Retroviruses 2011; 27(8): 841–851, http://dx.doi.org/10.1089/AID.2010.0223.
- Delatorre E., Bello G. Spatiotemporal dynamics of the HIV-1 CRF06_cpx epidemic in Western Africa. AIDS 2013; 27(8): 1313–1320, http://dx.doi.org/10.1097/QAD.0b013e32835f1df4.
