Генотипирование ВИЧ и филогенетический анализ в системе вирусологического мониторинга ВИЧ-инфекции

Цель исследования — оценить возможности и эффективность использования современных молекулярно-генетических технологий в определении источника инфицирования и установлении причинно-следственных связей в эпидемическом очаге ВИЧ-инфекции.

Материалы и методы. Проведено генотипирование 2 образцов плазмы крови от ВИЧ-позитивных лиц исследуемой группы и 18 образцов — от инфицированных пациентов группы сравнения. В работе использовано также 13 генетически близких нуклеотидных последовательностей генома ВИЧ из международной базы GenBank.

Генотипирование выполнялось на генетических анализаторах ABI Prism 3100 и ABI 3500XL (Applied Biosystems, США) с использованием тест-системы ViroSeq HIV-1 (Abbott, США) и «АмплиСенс HIV-Resist-Seq» (ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия). Субтипирование выполнено онлайн в программах COMET HIV-1/2 and HCV и REGA HIV-1 Subtyping Tool v. 3.0. Филогенетический анализ и расчет генетической дистанции осуществляли с помощью программы MEGA 5.2, статистического метода Maximum Likelihood analysis и модели Kimura (bootstrap level 1000).

Результаты. Генетическое типирование установило, что изучаемые вирусные изоляты относятся к субтипу А (А6) ВИЧ-1. Проведенный филогенетический анализ показал, что образцы исследуемой группы не собираются в отдельный кластер, для каждого из них обнаружены генетически близкие образцы из группы сравнения. Дистанция между нуклеотидными последовательностями двух образцов исследуемой группы составила 0,050; между нуклеотидными последовательностями двух образцов исследуемой группы и образцов группы сравнения (с учетом данных базы GenBank) варьировала от 0,007 до 0,058 (в среднем — 0,032). Установлено, что дистанция, равная 0,007, между нуклеотидными последовательностями образца №1048 исследуемой группы и образца №1051 из группы сравнения свидетельствует о высокой степени их генетической близости, подтверждая наличие эпидемиологической связи между ними.

Заключение. Результаты молекулярно-генетической экспертизы не подтвердили генетического родства между образцами исследуемой группы. Полученные результаты явились основанием для отказа в постановке диагноза профессионального инфицирования ВИЧ.

Применение современных технологий в мониторинге ВИЧ-инфекции показало их практическую значимость и эффективность.

1. Шахгильдян В.И., Ядрихинская М.С., Сафонова А.П., Домонова Э.А., Шипулина О.Ю., Альварес-Фигероа М.В., Долгова Е.А., Тишкевич О.А. Структура вторичных заболеваний и современные подходы к их лабораторной диагностике у больных ВИЧ-инфекцией. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы 2015; 1: 24–30.
2. Письмо Роспотребнадзора от 25.11.2014 г. №01/13850-14-27 «О мерах по предупреждению инфи­ци­рования ВИЧ при оказании медицинской помощи».
3. Зайцева Н.Н., Ефимов Е.И., Носов Н.Н., Парфенова О.В., Пекшева О.Ю. Современные моле­ку­лярно-генетические методы исследования в эпиде­мио­логическом надзоре за ВИЧ-инфекцией. Журнал МедиАль 2014; 2(12): 122–134.
4. Федеральная служба по надзору в сфере за­щи­ты прав потребителей и благополучия чело­века. Методические указания МУ 3.1.3342-16 «Эпидемио­логический надзор за ВИЧ-инфекцией». М; 2016. URL: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71263114/.
5. ВИЧ-инфекция и СПИД: национальное руковод­ство. Под ред. В.В. Покровского. М: ГЭОТАР-Медиа; 2013; 608 с.
6. Сандырева Т.П., Герасимова Н.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Куевда Д.А., Шипулин Г.А., Подымова А.С. Филогенетический анализ в эпидемиологических рассле­дованиях случаев ВИЧ-инфекции. Эпидемиология и инфекционные болезни 2014; 19(1): 17–21.

Peksheva О.Yu., Parfenova О.V., Skachkov N.М., Zaitseva N.N. HIV Genotyping and Phylogenetic Analysis in the System of Virological Monitoring of HIV Infection. Sovremennye tehnologii v medicine 2019; 11(4): 146, https://doi.org/10.17691/stm2019.11.4.17