Сегодня: 09.01.2025
RU / EN
Последнее обновление: 27.12.2024
NGS-технология в мониторинге генетического разнообразия штаммов цитомегаловируса

NGS-технология в мониторинге генетического разнообразия штаммов цитомегаловируса

О.Е. Ванькова, Н.Ф. Бруснигина, Н.А. Новикова
Ключевые слова: NGS-технология; цитомегаловирус; генотипирование цитомегаловируса.
2023, том 15, номер 2, стр. 41.

Полный текст статьи

html pdf
687
699

Современные молекулярно-генетические методы, в частности массовое параллельное секвенирование (NGS), позволяют проводить генотипирование различных возбудителей с целью их эпидемиологического маркирования и совершенствования молекулярно-эпидемиологического надзора за актуальными инфекциями, включая цитомегаловирусную инфекцию.

Цель исследования — оценить возможности использования технологии NGS для генотипирования клинических изолятов цитомегаловируса (ЦМВ).

Материалы и методы. Объектом исследования являлись образцы биологических субстратов (лейкоцитарная масса, слюна, моча), взятые у пациентов, перенесших трансплантацию печени и почек. Для генотипирования были отобраны образцы ДНК ЦМВ. Детекцию этих образцов осуществляли методом ПЦР в режиме реального времени с применением коммерческих диагностических тест-систем «АмплиСенс CMV-FL» (ЦНИИЭ, Москва). Выделение ДНК проводили с использованием наборов «ДНК-сорб-АМ» и «ДНК-сорб-В» (ЦНИИЭ) в соответствии с инструкцией по применению. Оценку качества подготовленной библиотеки ДНК для секвенирования осуществляли с помощью системы капиллярного гель-электрофореза QIAxcel Advanced System (QIAGEN, Германия). Выравнивание и cборку нуклеотидных последовательностей проводили с использованием программного обеспечения CLC Genomics Workbench 5.5 (CLC bio, США). Анализ результатов секвенирования выполняли с помощью инструмента BLAST сервера NCBI.

Результаты. Генотип ЦМВ определяли по двум вариабельным генам UL55(gB), UL73(gN) с использованием технологии NGS на платформе-секвенаторе MiSeq (Illumina, США). На основе проведенных поисковых исследований и анализа источников литературы выбраны праймеры для генотипирования по генам UL55(gB) и UL73(gN) и определены оптимальные условия проведения ПЦР. Результаты секвенирования фрагментов генов UL55(gB) и UL73(gN) клинических изолятов ЦМВ, выделенных у реципиентов солидных органов, позволили определить генотипы вируса, среди которых доминирующими являются gB2, gN4c и gN4b. В ряде случаев выявлена ассоциация двух и трех генотипов ЦМВ.

Заключение. Применение технологии NGS для генотипирования штаммов ЦМВ может стать одним из основных методов молекулярной эпидемиологии ЦМВ-инфекции, так как позволяет получать достоверные результаты при существенном сокращении времени на проведение исследований.


Журнал базах данных

pubmed_logo.jpg

web_of_science.jpg

scopus.jpg

crossref.jpg

ebsco.jpg

embase.jpg

ulrich.jpg

cyberleninka.jpg

e-library.jpg

lan.jpg

ajd.jpg

SCImago Journal & Country Rank